Enheten ska enligt tidningen placeras i kommissionens generalsekretariat och bemannas med utlånade experter från nationella säkerhetstjänster.
Syftet ska vara att samla och analysera information om hot mot EU, och bli mindre beroende av externa partners.
Bakgrunden är kriget i Ukraina och signaler från USA:s president Donald Trump om mer begränsade amerikanska säkerhetsåtaganden. Fyra källor uppger för Financial Times att projektet ses som ett led i att stärka EU:s egen lägesbild.
– EU-ländernas underrättelsetjänster vet mycket. Kommissionen vet mycket. Vi behöver ett bättre sätt att lägga ihop allt det där och vara effektiva och användbara för partners. I underrättelsevärlden måste man ge något för att få något, säger en av källorna.
Motståndet kommer främst från EU:s diplomatiska sida och chefer kopplade till unionens Intelligence and Situation Centre (INTCEN), som befarar dubbelarbete och statusförlust.
Förslaget är ännu inte formellt lagt på bordet för samtliga 27 medlemsregeringar, men skissen bygger på tillfälliga tjänstgöringar från nationella myndigheter för att få i gång verksamheten.
