Enligt Ekots granskning ägde Pehrson aktier i minst tre börsnoterade bolag – Betsson, Sandvik och Atlas Copco – utan att ha rapporterat innehaven som lagen kräver.
Därmed har Regeringskansliet inte kunnat kontrollera om det förelegat risk för jäv eller andra intressekonflikter.
Ministrar är enligt lag skyldiga att löpande redovisa sina innehav, för att motverka att de utnyttjar information de får genom sina uppdrag för egen vinning.
Pehrsons stab hävdar att det rör sig om "misstag" i inrapporteringen.
Ekots avslöjande kommer dagen efter att Pehrson meddelat sin avgång från partiledarposten.
Två andra ministrar, Maria Malmer Stenergard och Mats Persson, har nyligen granskats för sina aktieaffärer och anmälts till Konstitutionsutskottet.
