Thyberg efterträdde Henrik Landerholm som nationell säkerhetsrådgivare i maj, men avgick kort därefter.
Han uppgav då att han borde ha berättat om bilderna, som skickats i en gaydejtingapp, under säkerhetsprövningen. Hanteringen av ärendet väckte samtidigt kritik mot statsminister Ulf Kristersson (M).
Under tiden som nationell säkerhetsrådgivare var Thyberg tjänstledig från UD, där han tidigare varit ambassadör i Ukraina och senast chef för Östeuropa- och Centralasienenheten.
”Tobias Thyberg är departementsråd och chef för enheten för Östeuropa och Centralasien”, bekräftar UD:s presstjänst nu i ett mejl till Expressen.
Enligt tidningens uppgifter har Thyberg genomgått två nya säkerhetsprövningar och godkänts innan han återgick till tjänsten i mitten av juli.
I juli utsågs diplomaten Niclas Kvarnström till ny nationell säkerhetsrådgivare.