USAID, som grundades 1961, har varit världens största statliga biståndsgivare och sysselsatte omkring 10.000 personer globalt.
Nu har samtliga direktanställda placerats på administrativt ledighet, enligt ett meddelande på myndighetens webbplats.
Nedläggningen har mötts av hård kritik, bland annat från tidigare presidenterna Barack Obama och George W. Bush.
I ett videomöte med tusentals tidigare USAID-anställda beskrev Obama nedskärningarna som "en tragedi", och tillade att det rör sig om "några av de viktigaste insatserna i världen".
Bush, som själv tillhör Republikanerna, påstod att hans eget AIDS-program under USAID:s regi räddat 25 miljoner liv och frågade retoriskt:
– Är det i vårt nationella intresse att 25 miljoner människor som annars skulle ha dött nu lever? Jag tycker det, och det gör ni också.
Även musikern Bono deltog och hävdade att miljontals människor kommer att dö på grund av beslutet.
USAID:s nedläggning har beskrivits som en del av Trumps "America First"-politik, där bistånd ses som ineffektiv användning av skattemedel.
Utrikesminister Marco Rubio meddelar att kvarvarande program nu tas över av hans departement.
"Denna era av statligt sanktionerad ineffektivitet är officiellt över", skriver han på Substack.
