Säkerhetsrådets beslut innebär att al-Sharaa och inrikesminister Anas Hasan Khattab tas bort från den gemensamma sanktionslistan för IS/Al-Qaida.
Beslutet fattas trots att al-Sharaa själv är veteran från båda terrororganisationerna.
Fjorton länder röstade för, Kina avstod.
Ahmed Al-Sharaa har en lång bakgrund i jihadiströrelsen. Under namnet Abu Mohammad al-Julani var han ledare för Jabhat al-Nusra, al-Qaidas syriska gren, som senare ombildades till Hayat Tahrir al-Sham (HTS). Han började sin bana i al-Qaida i Irak och bröt senare med IS.
I december förra året, efter att Bashar al-Assad störtats, utsågs al-Sharaa till president i Syrien och han har sedan dess lett en islamistiskt färgad övergångsregering.
USA lade fram förslaget om avlistning inför hans Washington-besök, och det är USA:s initiativ som nu har klubbats av säkerhetsrådet.
HTS har numera formellt upplösts och medlemmar har integrerats i den nya statsapparaten.
