En domstol gav på torsdagen klartecken till regeringens begäran att frysa partiets deltagande på grund av "misstänkt valfusk".
Dagen därpå meddelade centralkommissionen för val att alla kandidater från Heart of Moldova stryks från valsedlarna, enligt lokala medier.
Partiledaren Irina Vlah, tidigare guvernör i Gagauzien, säger att regeringen använder juridiska processer som ett vapen.
– Regeringen bedriver lawfare som del av en bredare kampanj mot sina politiska motståndare, säger Vlah.
Förbudet innebär ett hårt slag mot den patriotiska koalition som Vlah varit med och byggt upp för att utmana president Maia Sandus parti Action and Solidarity. Koalitionen fick ett dygn på sig att ändra sina listor.
Sandu, som profilerat sig som starkt pro-EU, har återkommande beskrivit sina kritiker som ryska agenter.
Moskva avfärdar dock hennes påståenden om hemlig finansiering som "löjliga".
Valet på söndag betecknas som avgörande för Moldaviens framtid, men redan tidigare har Sandus seger i presidentvalet 2024 ifrågasatts. Tusentals moldaver i Ryssland nekades att rösta på grund av få vallokaler, medan väljare i Transnistrien mötte stora hinder.
I augusti dömdes Vlahs efterträdare i Gagauzien, Evgenia Gutsul, till sju års fängelse för penningtvätt – en dom hon förnekar.
