Razzian ägde rum tidigt på fredagsmorgonen i Boltons hem i Bethesda utanför Washington DC.
Enligt New York Post skedde insatsen på direkt order av FBI-chefen Kash Patel, som kort därefter skrev ”Ingen står över lagen" på X.
Samtidigt publicerades ett inlägg på Boltons konto på X där han kritiserade Trumps hållning till kriget i Ukraina. Det är oklart om inlägget var tidsinställt, enligt New York Post.
John Bolton är känd för att förespråka krig i tid och otid och användes av Trump under hans första mandatperiod för att skrämma och sätta press på Nordkorea.
Bolton har tidigare anklagats för att ha inkluderat hemligstämplad information i sin bok The Room Where It Happened från 2020. Trumpadministrationen försökte stoppa utgivningen men misslyckades.
Utredningen om boken inleddes redan under Trumps första mandatperiod, men Bidenadministrationen anklagas enligt New York Post för att senare ha lagt ner utredningen ”av politiska skäl”.
Den nye FBI-chefen Patel har lovat att rensa ut korruption i statsapparaten och offentliggöra tidigare mörkläggningar. Dagen före razzian påstod han att den förre FBI-chefen James Comey hade godkänt läckor av hemligstämplade uppgifter inför valet 2016.