Enligt polisen pågick en sammankomst vid moskén när skotten avlossades.
– Det inträffade precis efter fredagsbönen, säger Mazen Muwaffak vid Örebro moské till Expressen.
De två skadade fördes med ambulans till sjukhus, men deras tillstånd är ännu okänt.
"Vi uppmanar allmänhet att INTE närma sig platsen", skrev polisen på sin hemsida vid klockan 14.20.
Polisen har inlett en förundersökning om försök till mord och arbetar med att säkra brottsplatsen, höra vittnen och jaga gärningspersonen. Avspärrningar har satts upp och både polis och räddningstjänst finns kvar på platsen.
Mazen Muwaffak vid Örebro moské uppger att de skadade är besökare och att motivet är oklart.
– Vi vet inte om det är personligt eller mot moskén, men det är bra att polisen gör sitt jobb, säger Muwaffak till Expressen.
Polisen misstänker dock att skjutningen är gängrelaterad, enligt uppgifter till Aftonbladet. De tror att det rör sig om en "isolerad händelse" och att själva moskén inte var måltavla.
– Det förefaller vara en isolerad händelse, säger polisens presstalesperson Lars Hedelin till Aftonbladet.