Statsminister Ulf Kristersson anser att situationen är allvarlig.
– Dels för att det riskerar att skapa hot mot Sverige, men också för att det i förlängningen riskerar att barn inte får den hjälp de behöver, säger han till SVT Nyheter.
Dokumentärserien har vissa likheter med budskapet i den tidigare så kallade LVU-kampanjen, som spred uppgifter om att svenska myndigheter kidnappar muslimska barn. Denna kampanj bidrog till att terrorhotnivån höjdes i Sverige för ungefär ett år sedan. I somras meddelade dock Säpo att Sverige inte längre var ett lika utpekat mål i våldsbejakande islamistisk propaganda.
Kristersson betonar att det är upp till Säpo att avgöra om dokumentärens innehåll kan förändra den bedömningen. Han understryker dock att Sverige inte kidnappar barn.
– Vi har lagstiftning som skyddar de barnen, säger han och förklarar att socialtjänstlagen enbart träder i kraft när barn riskerar att fara illa.
Statsministern varnar även för att rapportering om Sverige av detta slag kan bidra till att hotet mot landet ökar.
– Den här sortens saker kan bidra till att hotet förstärks. Det finns alltid enskilda personer som kan få för sig att göra väldigt allvarliga saker om de tror att Sverige gör sådant som porträtteras i dokumentären, säger Kristersson till SVT.
Kristersson framhåller att dokumentären inte enbart fokuserar på muslimska barn, utan visar barn med olika bakgrunder. Han poängterar att Sverige förblir tydlig i sin kommunikation om att "desinformation" är meningslös.
– Detta kan vara en ny insats från folk som vill driva desinformation mot Sverige. Men där är vi tydliga med att det är helt meningslöst.
Terrorhotnivån ligger fortfarande på en fyra, delvis på grund av hotet från våldsbejakande islamism.