Attacken är en vedergällningsattack som inträffar veckor efter en israelisk attack mot den iranska konsulära byggnaden i Syrien som dödade två av Irans högsta befälhavare.
Explosioner syntes i luften över Jerusalem och luftsirener hördes över hela landet i natt, enligt AFP.
Amerikanska och israeliska enheter sköt ner den "stora majoriteten" av missilerna och dussintals attackdrönare, enligt IDF. Några missiler träffade en militärbas i söder och orsakade mindre skada.
Omkring 31 personer behandlades för oro eller skador som de ådrog sig när de var på väg till skyddsrum i samband med att det israeliska flyglarmet drog igång.
Iran uppgav att kvällens attack innebär att "ärendet är avslutat" från deras sida, om inte Israel svarar med mer våld.
