Polisen gjorde den obehagliga upptäckten efter att ha undersökt en lastbil som stått övergiven längs motorvägen åtminstone sedan igår, rapporterar Reuters.
Hur många döda kroppar som finns i lastbilen vet man ännu inte och kropparna rapporteras dessutom ha börjat ruttna.
– Vi kan anta att det är 20 människor som har dött, men det kan även vara 40 eller 50 människor, sade Hans Peter Doskozil, polischef i Burgenlandprovinsen, vid en presskonferens.
Tysklands förbundskansler Angela Merkel sade sig vara skakad efter att ha nåtts av beskedet om de döda invandrarna.
– Vi är, givetvis, alla skakade av denna fruktansvärda nyhet. Detta påminner oss om att vi snabbt måste ta tag i invandringsproblemen i en europeisk anda – det betyder i en anda av solidaritet – och hitta lösningar, sade hon.
Hundratusentals invandrare från arabvärlden och Afrika har hittills i år försökt ta sig illegalt till Europa med hjälp av människosmugglare, ofta i undermåliga båtar som de korsar Medelhavet med.
Tidigare i år gav den italienske polistalesmannen Renato Cortese bland annat Sverige skulden för invandringskaoset i Sydeuropa.
– Det slutliga målet för invandrarna är ofta Sverige, Norge, Tyskland och Storbritannien, sade han då.
