Många av barnen dog i samband med att islamisterna eldade ned skolan till grunden.
Vissa av eleverna har bränts till aska, säger poliskommissarie Sanusi Rufai till Reuters.
Samtliga döda är pojkar flickorna fick vara ifred.
Boko Haram, vars namn översätts "Västerländsk skolning är en synd", har den senaste tiden trappat upp sina angrepp mot kristna i Nigeria. Förra veckan dog över hundra personer när företrädare för organisationen besökte en kristen by och avrättade alla kristna män de kunde hitta.
