Bodström gick inte med på uppgörelsen och regeringen drog då på egen hand in hans utnämning, säger Bodström själv till SVT.
Regeringen erbjöd Bodström sex månadslöner för att självmant hoppa av landshövdingsjobbet.
– Mitt motbud var noll månadslöner – men att jag inte tänkte säga upp mig. Det hade varit jättekonstigt om vi var överens om att jag inte hade gjort något fel men att jag ändå måste säga upp mig – för att rädda regeringen, säger han till SVT.
Regeringen vägrar att kommentera den hemliga summan pengar.
"Regeringen kommenterar inte detaljer i de samtal som fördes med TB i samband med att regeringen upphävde sitt beslut att utse Thomas Bodström till landshövding i Stockholms län.”, skriver Finansdepartementet i ett svar till SVT Nyheter.
Thomas Bodström säger till SVT att situationen som uppstod kring hans styrelsepost i Allra har fått honom att tänka en extra gång innan han tar på sig ett styrelseuppdrag igen.
– Jag tror inte att jag kommer att sätta mig i en styrelse igen. Även när förutsättningarna är goda så kan det hända saker som man inte alls har tänkt på.