Flera personer uppges även ha omkommit och tusentals har fått evakueras undan vattenmassorna, rapporterar AP.
Framförallt är det den tätt befolkade prefekturen Ibaraki, strax norr om Tokyo, som drabbats. Ovanligt häftiga regn över centrala Japan under onsdagen och torsdagen har fått flera floder att svämma över sina bredder.
En av de värst drabbade städerna är Jōsō med omkring 60.000 invånare. Under torsdagen visade japansk TV dramatiska räddningsaktioner där ytbärgare räddade människor som satt fast i sina hus omgivna av vattenmassorna.
Även om vattenmassorna sjönk undan något under fredagen uppges stora delar av staden fortfarande vara under vatten.
