Enligt flickorna som är 12 och 14 år gamla förhindrar deras religion dem från att delta i de obligatoriska simlektionerna så länge pojkar också deltar.
Eftersom simundervisningen är en del av skolschemat har deras ansökan om medborgarskap avbrutits av den lokala naturaliseringskommittén.
- De som inte uppfyller dessa villkor bryter mot lagen och kan därför inte naturaliseras, kommenterade Stefan Wehrle, kommitténs ordförande till en lokal tv-station, enligt USA Today.
Det är inte första gången Schweiz nekar medborgarskap till personer som inte kan anpassa sig till samhällets sociala normer.
I april blev en invandrarfamilj nekade medborgarskap eftersom de bar mjukisbyxor offentligt och inte hälsade på förbipasserande – ett tydligt tecken på att de inte var assimilerade, ansåg naturaliseringskommittén.