Kvinnan, som var i 25-årsåldern, fördes till sjukhus men rapporterades senare under morgonen ha avlidit.
Händelsen har klassats som en så kallad "särskild händelse", skriver polisen på sin hemsida.
Huset som branden startade i uppges vara totalförstört, därefter har branden spridit sig vidare till övrig träbebyggelse. Omkring 200 människor har evakuerats undan branden som härjar i en trähuslänga.
Branden upptäcktes vid sextiden på morgonen och har sedan dess utvecklats kraftigt. Eksjös gamla stadsdel är från 1600- och 1700-talen och är kulturminnesmärkt.
Stora delar av centrala Eksjö är nu avspärrade medan man bekämpar branden.
