Enligt de första uppgifterna ska det vara lösningsmedel som brinner, något som kan vara farligt att andas in.
En kraftig rökutveckling syns från byggnaden, som enligt polisen ska vara ett läkemedelsföretag.
Samtliga personer i byggnaden har utrymts och ska vara i säkerhet. Både räddningstjänst och polis är på plats.
Området som brinner har spärrats av, uppger polisen.
Klockan 11.45 rapporterar polisen att det är lösningsmedlet Toluen som brinner, som vid brand eller upphettning bildar giftiga gaser.
– Det är flera kubik vi talar om, det är en stor behållare som brinner där inne, säger Per Hultman, brandingenjör vid Södertörns räddningstjänst till Aftonbladet.
Räddningstjänsten är på plats med 25 man från fyra olika brandstationer.
Polisen har också spärrat av Hertig Karls väg samt Uthamnsvägen.
