Enligt grekisk radio sköt gärningsmännen från en motorcykel som passerade partiets lokaler i stadsdelen Iraklio i Aten. En person sköts till döds omedelbart medan en annan skadades allvarligt och fördes till sjukhus där han senare dog av sina skador.
I ett uttalande från partiet uppges att de döda är 20 och 23 år gamla. En tredje person skadades i attacken, uppger Associated Press som hänvisar till partiets uttalande.
Skottlossningen ägde rum bara några timmar efter att justitieminister Haralambos Athanassiou hade lagt fram ett lagförslag som avsevärt höjer straffen för rasmotiverad brottslighet. Samtidigt drogs polisbevakningen in för partiet.
Den grekiska regeringen har ställt oss på bar backe så vi ska bli dödade, sade Georgios Germenis, parlamentsledamot för Gyllene gryning, till AP.
Vi hade tagit emot hot på det där kansliet och vi informerade den lokala polisen. Två civilpoliser fanns där varje dag fram till idag, sade han vidare.
Greklands ordningsminister Nikos Dendias beklagade dödsskjutningen på fredagskvällen.
Vi kommer aldrig att låta det här landet bli en arena för hämndaktioner, sade han.
Även vänsterradikala Syriza fördömde attacken i ett uttalande.
"Dessa mördare skapar politisk instabilitet och hotar demokratin. De måste fördömas totalt och bli moraliskt, ideologiskt och politiskt insolerade", hette det bland annat i uttalandet.
Enheter från den grekiska polisens insatsstyrka mot terrorism genomsöker just nu stadsdelen Iraklio, skriver nyhetsbyrån AAP.