Tillslagen gjordes natten till lördagen och under de tidiga morgontimmarna, samma dag som belgiska fotbollslandslaget mötte Irland i match under det pågående fotbolls-EM.
Bakgrunden till razzian, som genomfördes under natten och tidigt på lördagen, var uppgifter om en nära förestående terrorattack som krävde ett "omedelbart ingripande". 40 personer frihetsberövades varav tolv greps.
Enligt den federala åklagarkammaren genomfördes tillslagen i tolv olika kommuner, de flesta av dem i och runt Bryssel. Polisinsatsen uppges ha gått bra, inga vapen eller sprängmedel påträffades.
– Det är inte över. Vi är fortfarande på terrorhotnivå tre, det betyder att något fortfarande är i görningen, kommenterar inrikesminister Jan Jambon.
Antiterror-tillslaget kopplas inte till terrordåden i Bryssel den 22 mars. 35 människor dödades då, inklusive de tre attentatsmännen.