Det var i samband med en fotbollsmatch i söndags som Viktor Orban syntes bära det kontroversiella plagget.
På halsduken fanns en flagga över Ungern såsom landet såg ut för 100 år sedan. Då ingick även delar av dagens Ukraina, Rumänien, Slovakien, Kroatien, Serbien i landet.
Det ukrainska utrikesdepartementet har nu kallat till sig Ungerns ambassadör för att framföra en formell protest.
– Att Ungern förespråkar revisionistiska idéer bidrar inte till att utveckla de ukrainsk-ungerska relationerna och överensstämmer inte med principerna för europeisk politik, säger UD-talesmannen Oleg Nikolenko.
Även rumänska politiker har reagerat negativt på Viktor Orbans val av halsduk.