Anhängare till Mursi påstår att fredliga obeväpnade demonstranter överfölls under en bönestund utanför högkvarteret, då de protesterade för att Mursi skulle släppas ur sin fångenskap, medan egyptisk militär uppger att en officer dödades i strider med "beväpnade element ur Muslimsk brödraskapet" som försökte storma högkvarteret för att frita Mursi, som demonstranterna trodde hölls fängslad där.
Muslimska brödraskapet uppmanar nu till uppror mot militären, som tog makten i en militärkupp i onsdags.
"Vi uppmanar Egyptens folk att resa sig mot de som går över lik och försöker stjäla revolutionen med stridsvagnar och pansarbilar", skriver partiet i ett meddelade, enligt Reuters.
Hundratals människor skadades under sammandrabbningen i morse, enligt Muslimska brödraskapet.
Some of the people detained by military and police forces after the attack on #RepGuard. #Egypt #military_coup pic.twitter.com/HEZiZeI0ga— An Eye on Egypt (@AnEyeonEgypt) July 8, 2013
Hundreds of thousands pro #Morsi , anti #Military_Coup #Egypt'ian in front of the Republican Guard building pic.twitter.com/A9t7qXIUeH— Shahriar Arman (@shahriar_arman) July 7, 2013
4Share and let the world see the #Egyptian_Republican_Guard_Massacre in Egypt an hour ago #Egypt #CNN #BBC #ABC #News pic.twitter.com/H57aBLovIr— Ehab Hafez (@e_hafez) July 8, 2013