Relationen med pojken, som uppgett sig vara under 18 år, ska ha pågått sedan hösten 2013.
Kvinnan stängdes av efter att andra anställda på boendet i södra Norrbotten fattat misstankar. Polisen ska nu utreda om hon har gjort sig skyldig till brottet sexuellt utnyttjande av person i beroendeställning.
?Det är otroligt allvarlig och vi ser inte mellan fingrarna, säger en chef i verksamheten till Piteå-Tidningen.
Pojken har förflyttats till ett annat boende.