Hemmalagets supportrar hade tillstånd att föra en banderoll som hyllade en syndikalist, som blev allvarligt skadad i ett knivslagsmål med nazister förra helgen.
MFF hade tidigare varit kritiska till banderollen och inför matchen förbjudit supportrarna att föra den, då de inte ville bli pjäser i ett politiskt spel, men vek sig senare efter kritik från supportrar och media.
Det är komplicerat när en fotbollförening plötsligt blir en bricka i något större politiskt spel, sa Håkan Jeppsson, MFFs ordförande, till Sportbladet.
Det här var vårt högst fredliga sätt att slå tillbaka, sa Jonas Nirfalk, ordf. i Malmö FF:s supporter klubb, innan matchen.
Under matchen urartade dock situationen på läktarna när MFF:s supportrar slängde facklor, varpå supportrar försökte att ta sig in på planen. I tumulten bröt en Hammarbysupporter handen på en polis med en käpp.
Efter matchen avgjorts fortsatte oroligheterna utanför arenan och runt om i Malmö.
Det är ett krigstillstånd på stan. De kastar enorma bomber precis framför fötterna på folk, det är mycket skrämmande, uppger ett ögonvittne till Sydsvenskan.
Polisen bekräftar bilden av "fullskaliga upplopp efter matchen", enligt samma tidning. Två poliser har skadats i samband med våldsamheterna, fyra personer har gripits och 20 personer har omhändertagits.
Flera poliser blev ordentligt mörbultade när de blev slagna med påkar och träffade av stenar, sa polisens insatschef Patric Heimbrand, till Svenska Dagbladet.
Redan under natten till lördagen drabbade supportrar från de båda lagen samman på Möllevångstorget i staden.
Se huliganerna drabba samman efter matchen: