Nomineringen tillkännagav juryns ordförande Stefan Mehr under en presskonferens från familjens slott Nedre Manilla på Djurgården i Stockholm under tisdagen.
Det är den vänsterorienterade informationsbyrån Sirén som får priset för sin "nyhetsrobot" Robotea, som kartlägger människor och letar upp nyheter automatiskt.
Förutom Fredriksson, som fusionerade sitt och Robert Aschbergs kartläggningsbolag "Piscatus" med Sirén förra året, nomineras fyra journalister vid samma byrå till priset.
Som väntat nomineras även Matthas Ståhle på Eskilstunakuriren för sitt så kallade avslöjande om Granskning Sverige. Ståhle nomineras dock inte i kategorin "årets avslöjande" utan får nöja sig med att bli "årets berättare" istället.
Martin Fredriksson, som nyligen avslöjade att han har anlitats som Säpo-agent, nominerades även år 2014 till Stora journalistpriset. Då tillsammans med de övriga medlemmarna i kriminella Researchgruppen, för att de hade hjälpt Expressen att hänga ut privatpersoner som anonymt skrivit kritiska kommentarer om invandringspolitiken.
Bonniers stora journalistpris delas ut den 23 november.
