Flera av dem som stoppades fick sova över på flygplatsen för att sedan kunna resa hem igen, enligt SR.
Vid gränskontrollerna i Skåne hade samtidigt runt 600 personer stoppats fram till i morse.
Enligt de nya reglerna, som började gälla igår, måste utländska medborgare (förutom asylsökare) visa upp ett negativt resultat från ett coronatest för att få resa in i Sverige.