Under den större delen av efterkrigstiden har CSU – som är systerparti till Merkels federala CDU – kunnat styra Bayern med egen majoritet.
Men när delstaten går till val idag kan partiets stöd rasa till historiskt låga nivåer. Opinionssiffrorna visar på cirka 35 procent.
Ett nederlag tros kunna få allvarliga följdverkningar även på federal nivå, där CDU och CSU regerar tillsammans.
Tysklands tidigare finansminister Wolfgang Schäuble, som idag är talman, är en av dem som spår att Angela Merkel kan tvingas avgå efter helgens val, rapporterar Dagens Industri.
Valet i Bayern, och därefter valet i Hessen om ett par veckor, kan enligt Schäuble "orsaka stora förändringar".
Sedan tidigare pågår en bitter strid mellan CDU och CSU, som länge har varit kritiska till Merkels asylpolitik. I somras var Tyskland nära att drabbas av en regeringskris då inrikesminister Horst Seehofer hotade att avgå eftersom han inte kom överens med förbundskanslern i frågan.
Konflikten mellan syskonpartierna är tydlig i Bayern, där Merkel inte har varit välkommen under CSU:s valkampanj, rapporterar SR.