Mannen är enligt polisen utländsk medborgare och har bott och vistats i Sverige.
I oktober häktades han i sin frånvaro och efterlystes internationellt. Den 7 november greps han i en kontroll i Tyskland.
Misstankarna gäller grov våldtäkt och medhjälp till grov våldtäkt. Våldtäkten skedde i Sigtuna kommun i juni 2014.
Mannen kommer att överföras till Sverige och troligtvis vara på plats nästa vecka, enligt polisen.
