Etniska makedonier protesterade på fredagen i Skopje mot utnämningen av albanen Talat Xhaferi till försvarsminister.
Xhaferi är före detta rebelledare för albanska NLA och gick förut under namnet Komandant Forina. År 2001 attackerade albanska militanta grupper som NLA makedonska säkerhetsstyrkor. Konflikten varade i nio månader utan att bryta ut i fullskaligt krig. Omkring 200 personer tros ha dött i konflikten.
- Det är inte möjligt eller normalt för Xhaferi att vara ny försvarsminister. Detta är ett förtroendesvek mot de människor som förlorat sina familjer i konflikten. Jag hoppas att premiärministern och regeringen kommer att ta sina förnuft till fånga, säger Stojanche Angelov, tidigare generalmajor som kämpade i konflikten 2001 till CNN.
Etniska albaner iscensatte en motdemonstration på lördagen och hävdade att två albaner hade blivit misshandlade av etniska makedonier samt att en albansk flagga hade bränts, skriver Yahoo/AP.
Albanerna satte eld på två polisbilar, flera personbilar och en buss. De välte bilar, slogs med polisen och slog sönder en busstation.
Senare spred sig oroligheterna till ett område i norra delen av huvudstaden där albaner är koncentrerade.
Enligt polisen skadades 11 poliser i fredags och två poliser i lördags. Totalt skadades under oroligheterna minst 22 personer och 18 personer greps.
Majoriteten i Makedonien är slavisktalande makedonier som till största delen är kristna. Albanerna, som till övervägande delen är muslimer, utgör en snabbt växande minoritet på ungefär en fjärdedel av befolkningen. Sedan fredsslutet blossar ibland oroligheter upp mellan de två etniska grupperna.