Demonstrationen, som inleddes med en marsch, hade anordnats av flamländska högerpartier.
Utanför EU-kommissionens byggnad utbröt senare tumult och polisen använde sig av tårgas och vattenkanoner för att skingra demonstranter, enligt AP. Enligt polisen blev vissa av deltagarna våldsamma när polisen bad dem att bryta upp.
En mindre vänsterdemonstration för FN:s migrationsavtal, som undertecknades i början av veckan, hölls också i Bryssel under söndagen. Den uppskattas ha lockat till sig cirka 1.000 deltagare.
Även i Sverige fortsätter demonstrationer att hållas mot FN-pakten. På söndagseftermiddagen samlades återigen människor vid Mynttorget i Stockholm för att lyssna på Katerina Janouch och andra.
