Medgivandet gjordes på företagets blogg i tisdags.
Ett av de mer allvarliga problem man tar upp i blogginlägget ska ha berott på ett ofullständigt systemunderhåll som genomfördes helgen för två veckor sedan. På måndagen efter helgen utfördes terrorattentatet i Boston, vilket kraftigt ökade antalet kommentarer som förmedlades via Disqus och därmed avslöjade brister i systemet.
Disqus erkände även att man har haft flera andra problem med kommentarstjänsten en längre tid, något man säger sig se "extremt allvarligt" på.
Fria Tider använder sig av Disqus och aviserade i onsdags att vi överväger att byta ut Disqus på grund av de problem systemet dragits med sedan uppgraderingen till Disqus 2.0.