Pojkarna hade under kvällen varit ute med båten på sjön Exen, som är belägen mellan Markaryd och Ljungby. Båten hittades uppdragen på land och cyklarna stod kvar i närheten.
Den sista kontakten med anhöriga skedde vid 21-tiden på söndagskvällen och därefter har de varit spårlöst försvunna.
Pojkarna bor på någon form av familjehem eller behandlingshem, men polisen tror inte i nuläget att det rör sig om en rymning.
– Vi har inte exakta uppgifter om verksamheten i nuläget, men vi tror inte att de direkt avvikit därifrån, säger Jonas Ek, informationsansvarig på polisen Kronoberg, till SVT Smålandsnytt.
En stor sökinsats med poliser från Småland, Halland och Skåne har letat efter pojkarna sedan natten till måndagen.
