Asylinvandringen till EU har ökat mycket kraftigt under sommaren och förra månaden kom medlemsländerna överens om att fördela 32.000 asylsökare som tagit sig till Italien och Grekland enligt ett kvotsystem.
Slovakien har accepterat att ta emot 200 av dem, men nu uppger regeringen att man inte är beredd att låta muslimer komma till landet.
– Vi skulle kunna ta emot 800 muslimer men vi har inga moskéer i Slovakien så hur ska muslimerna kunna integreras om de inte trivs här? säger inrikesdepartementets talesman Ivan Metik enligt BBC News.
EU-kommissionens talesperson Annika Breithard vill inte kommentera Slovakien specifikt men understryker att EU-länder inte får ägna sig åt diskriminering. Metik förnekar att beslutet att inte acceptera muslimska asylsökare är diskriminerande utan hänvisar till att regeringen vill bevara sammanhållningen i landet.