Åkesson tog under debatten upp Centerpartiets beslut att hjälpa regeringen att ge amnesti till 9.000 afghanska män som uppgett sig vara barn och fått avslag på sina asylansökningar.
– Det visar väldigt tydligt att när det gäller den fråga som väljarna tycker är allra viktigast så är man inte överens, sade Åkesson, som kallade C för ett "extremt invandringsliberalt parti".
– Problemet är att allt du kommer att lova om migrationspolitiken måste du sedan förhandla om med Centerpartiet och Annie Lööf. Så det blir väldigt svårt för väljarna att veta vad man får för politik om man röstar borgerligt eller på Moderaterna.
Ulf Kristersson uppgav att C:s stöd till regeringen visar att invandringsfrågan är "komplicerad".
Han sade sig också förstå att "en och annan" röstade på SD i riksdagsvalet 2014, "för det var det enda parti som ville diskutera frågan".
– Där har vi lärt oss en rejäl läxa.
Men M-ledaren vidhöll att han vägrar förhandla med SD eftersom han inte delar partiets "värderingar". Han förespråkar istället en "långsiktig blocköverskrivande överenskommelse" om migrationspolitiken. Det innebär i praktiken att M och S ska komma överens i frågan.
– Vi kan inte hålla på och rycka fram och tillbaka. Vi har alla lärt oss den hårda vägen att den sortens migrationspolitik vi hade före 2015 kan vi inte ha tillbaka, sade Ulf Kristersson.
Enligt Kristersson måste Sverige ha en "ganska stram" invandringspolitik under "en lång tid" för att "klara integrationen". Han sade att förra årets nivå fortfarande är för hög.
– Jag tror att det är för många mot vad Sverige klarar av just nu, sade han.
Kristersson ville dock inte nämna vilken siffra som skulle vara rimlig, något som Åkesson var snabb med att angripa.
– Det är det här som skiljer oss från Moderaterna. Vi kan inte fortsätta att ha asylinvandring från länder där Sverige inte är första säkra land. Flyktingpolitiken kan inte utgå från att vi ska hjälpa människor i Sverige utan måste utgå från att vi hjälper människor på plats där flyktingarna finns, sade Åkesson.
SD-ledaren bedyrade dock att hans parti anser att Sverige fortfarande har "ett ansvar" att ta emot "kvotflyktingar" från tredje världen.
– Vi vill ha ett återvandringsnetto. Vi ska utvisa kriminella invandrare – där vacklar ni. Vi måste se till att de tiotusentals människor som kommit till Sverige och inte ska vara här återvänder. Och vi måste stimulera en frivillig återvandring för dem som finns i Sverige men som inte har funnit sin plats här. Där skiljer vi oss åt väldigt mycket.
Åkesson förtydligade att SD vill ha ner antalet asylsökare till noll, vilket fick Kristersson att ryta ifrån.
– Vi kan inte kasta Sverige ur alla internationella konventioner och bryta mot grundläggande överenskommelser. Så gör man inte om man är ett seriöst parti. Så fungerar inte den civiliserade världen, dundrade han.
Inför kvällens duell i Agenda hade de båda partierna publicerat varsitt debattinlägg på SVT Opinion.
Jimmie Åkesson skriver i sin artikel att det är på tiden att Ulf Kristersson "tar tillfället i akt att redogöra för vilken invandringspolitik det svenska folket har att vänta sig från hans parti efter valet".
"Om Moderaterna verkligen har för avsikt att fortsätta Allianssamarbetet efter valet bådar det med andra ord inte gott för de som vill att Sverige ska ha en ansvarsfull invandringspolitik", skriver Jimmie Åkesson.
Moderaternas debattartikel är signerad Tobias Billström, partiets gruppledare i riksdagen. Han skriver att Moderaternas besked till väljarna är att partiet inte kommer "att sätta sig i en regering som för en ohållbar migrationspolitik".
Istället vill M "förankra en långsiktigt hållbar svensk migrationspolitik över blockgränsen" tillsammans med Socialdemokraterna.
"Moderaterna har en migrations- och en integrationspolitik som är robust, stram, sammanhållen och genomförbar. Det räcker nämligen inte att identifiera samhällsproblem, man måste också presentera en politik som faktiskt kan fungera", skriver Billström och fortsätter:
"Här går det en skarp linje mellan vår politik och de många hugskott som präglar Sverigedemokraternas."
Artikeln har uppdaterats.
