Olyckan inträffade när tåget med omkring 350 passagerare ombord var på väg genom en tunnel. Det var tågets åttonde vagn som spårade ur och ledde till att den och övriga vagnar kraschade in i tunnelväggen.
Tågursprårningen uppges ha vållats av att någon form av byggfordon som inte säkrats på ett korrekt sätt kom i rörelse, gled ned på spåret och kolliderade med tåget.
Förutom de 36 som konstaterats ha avlidit har ett hundratal människor förts till sjukhus med alltifrån lindriga till allvarliga skador. Ytterligare dussintals människor uppges dessutom fortfarande sitta fast i tågvraket.
Fredagens tågolycka i Taiwan är den värsta i landets historia. Den tågolycka som skördat näst flest dödsoffer i Taiwan inträffade i november 1991 då 30 människor omkom.