Amerikanska UD:s talesman Mark Toner säger att beslutet kommer att försvaga det ryska "civilsamhället".
– Denna åtgärd är ännu ett exempel på den ryska regeringens ökade antal tillslag mot oberoende röster och en avsiktlig åtgärd för att ytterligare isolera det ryska folket från världen, säger han.
OSI ägnar sig framför allt åt att introducera kulturmarxistiska frågor som mångkultur, genus och HBTQ i Östeuropa och Ryssland. Enligt den ryska riksåklagarmyndigheten undergräver organisationen "Rysslands författning, försvarskapacitet och säkerhet".
Bland de andra organisationer som förklarats icke önskvärda finns USA-finansierade National Endowment for Democracy, NED, och International Republican Institute, IRI.
När en organisation fått den stämpeln innebär det att dess tillgångar blir frysta och att organisationen förbjuds att sprida material, enligt RT.
