Två väktare som fanns inne i byggnaden hörde "en dov smäll från en explosion", rapporterar tysk media. Totalt fanns fyra invandrare i byggnaden när den tog eld.
När väktarna tittade vad som hänt hittade de två molotov cocktails som kastats in på en matta och fått denna att börja brinna. Elden kunde dock släckas innan byggnaden fått stora skador.
Två andra brandbomber av samma typ hittades på taket, men de hade inte lyckats skada byggnaden.
Ett stort pådrag med 70 brandmän och tio poliser sattes in för att stoppa och utreda branden. Byggnaden kommer nu att ha dygnetruntbevakning, enligt tysk media.
Ingen har ännu gripits för dådet.
