Det är första gången sedan 1970 som ett fall som rör den danska blasfemilagen prövas i rätten, skriver Danmarks åklagarmyndighet på sin hemsida.
Den som döms för brottet riskerar upp till fyra månaders fängelse.
Den åtalade 42-åringen publicerade i december 2015 en video på Facebook som visade hur han brände en koran i sin trädgård. Filmen spreds via Facebook-gruppen "JA TIL FRIHED – NEJ TIL ISLAM".
Vid tre tidigare tillfällen har åtal väcks för brott mot den danska lag som förbjuder medborgare att häda mot religioner.
