Enligt Bild stormades en lägenhet i stadsdelen Laim av en tungt beväpnad specialinsatsstyrka och 16-åringen greps.
Den unge afghanske mannen uppges ha varit kompis med förövaren iraniern Ali David Sonboly, som tog sitt liv efter dådet.
Polisen tror att 16-åringen visste om att hans 18-årige vän tänkt utföra massakern och är därför misstänkt för underlåtenhet att avslöja brott.
– Vi har tagit in honom för förhör, säger åklagare Thomas Steinkraus-Koch.
– Vi tror att han är en möjlig medgärningsman som visste mer om dådet än han tidigare erkänt.
Det är oklart om 16-åringen även hjälpt till att locka offer till McDonalds, där delar av massakern ägde rum, genom det erbjudande om gratis mat som lades upp på Facebook kort innan dådet.
