Domen kom efter att justitiedepartementet slagit larm om "extremistisk aktivitet" inom Jehovas vittnen i Ryssland.
– De utgör ett hot mot människors rättigheter och den allmänna ordningen och säkerheten, säger Svetlana Borisova på Rysslands justitiedepartement i en kommentar.
Rörelsen, som har över 170.000 anhängare i Ryssland, uppger sig vara "chockade" och kommer att överklaga beslutet till Europadomstolen.
Ryska myndigheter har sedan tidigare anklagat Jehovas vittnen för att förstöra familjer och främja hat och extremism.
