Det innebär att Jenkins sammantagna årslön uppgår till 5,5 miljoner pund.
Men hans lönesättning är kontroversiell efter ett år Barclays avskedat 14.000 anställda. Storbanken planerar dessutom att säga upp ytterligare 5.000 medarbetare till 2016.
– Jag förstår verkligen att jag har väldigt god ersättning för mitt arbete. Men jag tycker det är passande att jag accepterar min bonus, säger Jenkins till Daily Mail.
Under morgonen hade aktiekursen sjunkit till 2,58 pund per aktie.
